延续着动画版最后一话，爱德华来到一个与炼金术世界非常遥远且完全无法使用炼金术的另一个世界，来到我们所处现实世界的爱德华为了寻找回到他原来世界的线索，便与他弟弟阿尔相似的另一个青年阿尔冯斯·海德利西一起制作火箭的研究，但对爱德而言，漫长的两年时光过去，相对地，能找出回到原来世界的机会也越来越渺茫。

一日、与阿尔冯斯一同前往嘉年华会的爱德遇到了一位名为“诺雅”吉普赛的女性。

拥有不可思议力量的她，有着只要借由接触对方就能看见被接触者的内心及想法的能力。她是被当时德国人称为“次等民族”的吉普赛人中的一员，然她们称自己则称为“诺玛”。

由于她的出现使得爱德华被卷入了当时德国纳粹正要发起的伟大计划之中即入侵一个名为香巴拉的国度，同时那也代表着炼金术世界将产生被毁灭的危机。

图利协会是怎样的一个组织？处于现实及炼金术世界，此两平行世界关系将被撕裂的爱德及阿尔，兄弟两人真有重逢的那天吗？当两人的手再度击掌的时候，炼金术的战斗即将开始。

在炼金世界中，存活下来的人造人少年拉斯带领爱德的弟弟阿尔作为开启门的付出代价牺牲掉自己及暴食的生命，回归母亲的身边。在我们所处现实世界中，化为青龙过去的人造人恩比和父亲霍恩海姆同归于尽而成为开启门的代价。为避免将来会发生的混乱，摧毁炼金术世界这一边的门的两兄弟滞留在另一个世界，根据自己的意志成为这一个世界的人活下去。