几天后魔法部长给哈利、罗恩和赫敏带来邓布利多的遗赠。第二天比尔和芙蓉婚礼，婚礼上传来消息说伏地魔攻占了魔法部，哈利三人辗转躲入格里莫广场12号布莱克家的老房子。侦查了一个月之后，三人潜入魔法部偷出魂器，同时他们发现有麻瓜血统的巫师正受到审问和迫害，就解救了几名麻瓜血统的巫师。但他们的行踪也暴露，三人只得逃往农村。

几个月后，三人听说古灵阁妖精银行里的葛来芬多剑是赝品，而真正的剑被邓布利多用来摧毁一个魂器后不知所终，哈利打算去找剑，但是罗恩反对，与哈利大吵一架后离队。哈利和赫敏还是决定前往高迪克山谷。在高地克山谷，两人遇到一个老妇， 自称是邓布利多家的老朋友，跟她回家。谁知老妇是毒蛇娜吉妮假扮的，幸好两人机警逃生。

两人终于在一只雌鹿的带领下找到葛来芬多剑的隐藏处。哈利潜水寻剑，但身上的魂器却缠住脖子，差点把他溺死。关键时刻罗恩出现救起哈利，也把剑捞出来摧毁了魂器。赫敏发现了下一步的任务：找到卢娜.洛夫古德的父亲讨教一路上出现过多次的格林沃德记号的涵义。

在洛夫古德家中，三人了解了三件死亡圣物的传说。卢娜被魔法部抓走，她的父亲为救女儿告了密，三人再度惊险逃生，但哈利相信只要收集齐三件死亡圣物就能打败伏地魔。接下来几星期搜寻圣物和魂器无果，他们搜到一个电台在讲现在发生的事， 哈利一不小心吐出“伏地魔”三个字。这三个字是“禁忌”，被魔法标记，一说出来就会被食死徒找到。

三人就这样被抓到马尔福家，经受审讯、折磨。哈利用魔镜的碎片向多比求救，他们杀死虫尾巴后迅速逃跑，没有遇上正匆匆赶来的伏地魔，可惜的是多比被杀。接下来的时间里，哈利进入与伏地魔意识连通的幻境，找到了一些魂器，但也让伏地魔发觉了他们的行动。

哈利又一次进入幻境后推断出伏地魔的居所，三人来到了此地。他们看到伏地魔命令毒蛇除掉斯内普，以把长者杖魔力传给自己。弥留之际，斯内普把记忆送给哈利，原来他一直爱着哈利的母亲莉莉，因此从来都是邓布利多一边。

哈利披上隐身斗篷去与伏地魔战斗，发现海格被押作人质。哈利一现出身来就被一咒击倒，醒来时彷佛进入一个生与死的边缘，碰到已死的邓布利多。哈利发觉咒语正巧击溃了藏在自己体内的那一部分伏地魔的灵魂。

伏地魔命令海格把貌似死了的哈利带回霍格沃茨，杀杀士气。哈利趁乱披上隐身斗篷，纳威敏捷地抽出葛来芬多剑砍掉了毒蛇娜吉妮的脑袋，藏在毒蛇体内的伏地魔最后一个魂器就这样被毁掉。

哈利在大殿里面直面伏地魔，长老杖在伏地魔手中。哈利猜测长老杖原来的主人不是斯内普而是马尔福，解除邓布利多武装的是马尔福，而斯内普只是依照邓布利多的愿望把他杀掉。然而解除掉马尔福武力的人却是哈利，所以长老 杖真正的力量在哈利这里。所以伏地魔用长老杖对哈利施死咒时，哈利让死咒又反弹到伏地魔身上，伏地魔就这样被结果了。

19年后，哈利和金妮有了三个孩子，罗恩和赫敏也有两个孩子。两家人在国王十字车站送孩子去霍格华茨学校，在这里他们遇见了不少故人。最终，哈利摸着前额上的闪电形疤痕，19年了，这块疤痕再也没有痛过。一切都好。